生物信息学这行做【生物数据分析】和【数据库、网站开发】哪个更好？

时间：2023-11-24 14:12:01 | 来源：网站运营

时间：2023-11-24 14:12:01 来源：网站运营

生物信息学这行做【生物数据分析】和【数据库、网站开发】哪个更好？：我所在的公司现在招生物信息学家的时候就需要两者都会。

生物数据分析本身无需赘述，这是作为生物信息学家的根本。为什么会需要做「数据库，网站开发」呢？

首先，做数据库和网站自动化开发可以重复机械的工作；从而节约你的时间，帮助你更好的提高自己生物数据分析的水平。数据库和好的网站工具(web app)是在生产研究到一定规模之后管理数据的必然选择。既可以是一个基本的LIMS「图书馆管理系统」；也可以一些简单的网站提供分析的工具。一个例子，当你要比较某个课题过去5年产生的所有的数据时，有一个好的LIMS可以让你在几分钟之内就得到聚合数据。你不需要焦头烂额的问东问西尝试人工找到所有的数据。这样你就可以专注于分析数据；又比如说，你们实验室和数个生物实验室合作。你不想要浪费时间机械的重复的跑几个既定的pipelines。花1天写一个网站让其他实验室的人自己提交分析的请求，你写好的pipelines就自动完成了既定的分析。而你就有时间学习新的技术，或者娱乐放松。如果不想浪费自己的时间，你需要学习数据库和网站开发「Anything that you do more than twice has to be automated」。

第二，需求非常大，不论是学校，医院，公司，都需要生物信息学家掌握数据库和网站开发。在大的研究机构和公司中，每个人各司其职。好的数据库和网站可以帮助你成为团队中最重要的一员。诚然，数据库和网站开发可以交给公司的码农们，或者外包给印度的公司。但是生物信息学发展如此之快，新的分析手段，新的分析软件会让你的数据进化的很快。同时新的问题，新的技术也会让你的同事们产生新的分析需求。你并没有对数据结构的掌控和对网站改进权利和能力。这个时候你们的工程不能完成快速迭代，会大大影响科研和产品开发的进程。这个时候，如果你和你的小团队如果可以完成这个任务，就会是整个大团队中最重要的角色。

第三，数据库和网页开发与生物数据分析相比非常简单，为什么不学习呢？即没有复杂的算法，也没有未知的领域，数据库和网站开发对你来说应该是小菜一碟。modern web frameworks 非常容易学习，一般几周就可以写出一个像模像样的网站。举个例子，genepanel.iobio 是基于Vue开发的，我的印象中作者是一年前开始学习Vue和网站开发的。Angular, React, Vue 都是比较容易上手的 （Angular可能难一些）。如果心态保守，可以从Shiny 开始。这就是个很好的例子： csoneson/iSEE 现在很多 single cell 的实验室都通过Shiny发表一些 web app 用于数据分析。你有R的经验，所以现在就可以写自己简单的web app了。通常几周之内就会有一些成果。你不需要成为专业的web developer，所以并不难。

第四，商业机遇。就像我上面说的，这是的需求很大的技能。如果你能做出一些较好的数据库网站系统管理NGS data。为什么不将这个系统商业化呢？

第五，开放的心态去学习新的技能可能会对你非常有帮助。举个例子，我PhD期间主要工作是细胞生物学，需要做非常多的microscopy 和 image analysis。为了不想人工的分析图像数据。我学了Python, 进而 CNN。而毕业之后，我也完全转型成为了生物信息学家。多学习会让你的路更宽，貌似没有什么可以纠结的。

以上。