研究miRNA必备的分析网站汇总！

时间：2023-06-05 01:57:01 | 来源：网站运营

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研究miRNA必备的分析网站汇总！：介绍一下miRNA靶基因预测，功能研究，定量引物设计等相关的一些网站，值得您收藏。

microRNA

microRNA(miRNA）微核糖核酸，是真核生物中广泛存在的一种长约21到23个核苷酸的RNA分子，可通过多种途径调控基因的表达。目前研究比较清楚的3条调控途径分别是：DNA甲基化，RNA剪切和翻译阻止。在调控基因表达、细胞周期、生物体发育时序，疾病等方面都起到重要作用。

miRBase

miRBase数据库是一个提供包括已发表的miRNA序列数据、注释、基因靶标预测等信息的全方位数据库，是存储miRNA信息最主要的公共数据库之一。目前miRBase 更新到了V22版本。

http://www.mirbase.org

植物类miRNA靶基因预测

植物miRNA靶向目标的位点要求匹配度比较高，所以植物miRNA的靶基因预测相对比较容易一些。

psRNATarget

一个在线的植物小RNA的靶基因预测工具。目前最好的植物miRNA预测网站，也一直更新。

http://plantgrn.noble.org/psRNATarget/

TAPIR

一个在线的植物micRNA的靶基因预测工具。

http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/tapir/

动物类miRNA靶基因预测

动物的miRNA与其靶目标的识别区域比较小，一般只有miRNA的2-8区是保守的，这就导致miRNA的靶位点非常的多，为了降低假阳性，所以对软件的要求也非常的高。

TargetScan

TargetScan是通过搜索和每条miRNA种子区域匹配的保守的8mer和7mer位点来预测靶基因。

http://www.targetscan.org/

miRanda

miRanda是John等于2003年5月开发的第一个miRNA靶基因预测软件。miRanda适用范围广泛，不受物种限制，同时提供了 windows,linux,和macintosh多平台版本，可以下载到本地运行。

http://www.microrna.org/microrna/home.do

RNAhybrid

RNAhybrid是一种用于寻找一条长链RNA和一条短链RNA的最小配对自由能的工具，是通过一种域码来实现的。例如一条短链序列结合到长链的最佳位置上。该工具主要作为microRNA靶基因预测用。

http://bibiserv.techfak.uni-bielefeld.de/rnahybrid/

PicTar

PicTar是通过一定计算法则来鉴定microRNA的靶目标的。该可搜索的网站可以提供以下物种的关于microRNA靶目标的预测详细信息，包 括：脊椎动物、七个果蝇种类、三个线虫种类和人类的非保守但共表达的microRNA的靶目标(例如：表达在同一组织的microRNA和mRNA)。

http://www.pictar.org/

PITA

PITA基于靶位点的可接性(target-site accessibility)预测microRNA的靶标。

http://genie.weizmann.ac.il/pubs/mir07/mir07_data.html

RNA22

RNA22基因序列特征预测microRNA的结合位点。

http://cbcsrv.watson.ibm.com/rna22.html

miRTarBase

一个全面收集已被实验验证的microRNA靶标数据库。

http://mirtarbase.mbc.nctu.edu.tw/php/index.php

DIANA-microT

DIANA-microT是KiriakidouM等基于实验和计算生物学方法开发的miRNA靶基因预测软件。和miRanda预测结果中可能出 现一个miRNA对应多个靶位点或多个miRNA对应一个靶位点而丢掉了miRNA调控单个靶位点不同的是，DIANA-microT考虑了miRNA调 控单个靶位点的情况。

http://www.microrna.gr/microT

miRWalk

miRWalkis是一个综合性数据库，提供来自人类、小鼠和大鼠的miRNA的预测信息和经过验证的位于其靶基因上的结位点。http://www.ma.uni-heidelberg.de/apps/zmf/mirwalk/

TarBase

TarBase数据库人工搜集了实验验证过的miRNA的靶基因，包括在人、小鼠、果蝇、蠕虫和斑马鱼中的miRNA的靶基因，区分出这些miRNA靶基因中的对的和不对的。

http://diana.cslab.ece.ntua.gr/tarbase/

miRecords

动物 miRNA 的靶相互作用的数据库, 包括人工收集实验验证的, 预测的 miRNA的靶目标. 靶标预测工具DIANA-microT, MicroInspector, miRanda, MirTarget2, miTarget, NBmiRTar, PicTar, PITA, RNA22, RNAhybrid, and TargetScan/TargertScanS。

starBase

starBase 从高通量的CLIP-Seq实验数据(CLIP-Seq和HITS-CLIP)和降解组实验数据中(degradome sequencing)搜寻micorRNA的靶标。提供了各式各样的可视化界面去探讨microRNA的靶标

http://starbase.sysu.edu.cn/

ViTa

ViTa数据库搜集来自miRBase、ICTV、VirGne、VBRC等数据库的病毒数据，包括了已知的病毒的miRNA以及相应的由 miRanda和TargetScan预测的宿主miRNA靶基因。ViTa还提供有效的注释，包括人类miRNA的表达情况，病毒感染的组织等。

http://vita.mbc.nctu.edu.tw/

miRNA功能相关的数据库

miRNApath

miRNApath是一个关于miRNA、靶基因以及代谢通路的的数据库。

http://lgmb.fmrp.usp.br/mirnapath/tools.php

miR2Disease

miR2Disease数据库是一个人工注释的数据库，主要收录的是与人类疾病相关的microRNA信息。

http://mlg.hit.edu.cn:8080/miR2Disease/search.jsp

TransmiR

TransmiR是关于转录因子的microRNA调节的数据库，对于用于学术研究室免费的。

http://cmbi.bjmu.edu.cn/transmir

TripletSVM

TripletSVM是一个用于预测一个具有发夹结构的被查询序列是否是一个真正的miRNA前体物的程序。

http://bioinfo.au.tsinghua.edu.cn/mirnasvm/

Vir-Mir

Vir-Mir数据库提供预测的病毒miRNA的候选发夹结构序列。

http://alk.ibms.sinica.edu.tw/cgi-bin/miRNA/miRNA.cgi

miRNA设计

WMD3

设计人工的miRNA

http://wmd3.weigelworld.org./cgi-bin/webapp.cgi

sRNAPrimerDB

miRNA 定量引物设计，支持9种引物设计方案

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