时间：2022-11-28 16:30:01 | 来源：信息时代
时间：2022-11-28 16:30:01 来源：信息时代
微阵列表达数据库 : 微阵列数据的存储仓库,其中主要包含一些数据分析和可视化工具。寻找基因、探索其功能是分子生物及遗传学研究的基础。基因微阵列、DNA晶片、基因晶片或生物晶片,用于承载基因的材料,可分为阵列方式及晶片方式两种,前者为将经聚合脢连锁反应增殖的片段或合成的寡核甘酸,用精密仪器布放到尼龙薄膜或玻璃载玻片上,即微阵列(microarray)或称基因微阵列。后者是利用半导体及化学合成技术,直接在矽晶片上合成寡核甘酸,即所谓的DNA晶片(DNAchip),其制作复杂且费用较高,并不适合一般实验室使用。目前主要的微阵列及其他基因表达数据库有:ArrayExpress、GXD、和GeneTrap等。
(1) ArrayExpress数据库:由欧洲生物信息研究所创建,是一个公共的微阵列数据库,用以存储充分标注并且与MGED(微阵列基因表达数据协会)格式一致的数据(http://www.ebi.ac.uk/arrayexpress/)。用户可以在该网站浏览、查询并且提交微阵列数据。使用网站提供的整合数据分析工具Expression Profiler还可以可视化以及分析数据库中的微阵列数据。
(2) GXD: 是一个有关不同品系和突变体的小鼠基因表达谱数据库(http://www.informatics.jax.org/)。主要有三部分内容。一是在不同状态下小鼠的不同基因的表达情况,主要的检测基因方法有RNA原位杂交、免疫组化、northern/western杂交、Rnase保护实验和RT-PCR。二是相关文献的查找。三是有关小鼠发育过程中的基因表达信息。由于小鼠的基因组序列已完成,且与人类有很高的同源性,是目前最好的一个模式生物体。对小鼠不同状态和突变体基因表达的研究对人类同源基因功能研究来说是一个很好的资源。
(3) GeneTrap: 数据库中心位于加拿大的多伦多,该中心建立并存储了大量人类疾病的小鼠模型,这种模型主要采用基因陷阱(gene trap)来建立。此外,该中心还收集了一些用ENU诱导突变得到的小鼠模型。通过检索该数据库,可以了解特定基因突变的可能表型,也可以通过表型搜索,推测导致该表型的可能突变的基因。该数据库对人类疾病诊治和分子机理研究具有指导意义(http://www.cmhd.ca/genetrap/index.html)。
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