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SNP数据库(数据库)

时间:2022-11-08 12:30:01 | 来源:信息时代

时间:2022-11-08 12:30:01 来源:信息时代

    SNP数据库 : 描述生物分子序列变化的序列数据库,其主要代表是dbSNP单核苷酸多态性数据库。
(1) dbSNP: 包括SNPs,小范围的插入/缺失,多态重复单元和微卫星变异。dbSNP还包含种族特异的频率和基因型数据,实验条件,分子上下文,及中性多态和临床变异的定位信息。它是1998年由NCBI与人类基因研究所合作建立的,迄今已经历了多次改进。它接收来自任何物种或者一个基因组的变异的提交。
(2) Entrez SNP:提供6种搜索方式: ①通过别名或者25种不同的搜索关键字组合:这些关键字和别名可以在Entrez SNP Site里找到; ②通过ID号:这些标识符包括参照SNP(refSNP)聚类号、已经提交的SNP访问号(SS#)、本地ID、Celera ID、Genank访问号以及STS访问号; ③提交信息查询: 包括提交者、新数据、检验变异的方法、种群、出版信息等;④批处理:用其他查询收集的变异ID号集合来批量产生大量的SNP报告; ⑤基因座信息: 此查询最初被LocusLink完成,现已被EntreZ Gene所取代;⑥标号间信息: 完成已经被映射到有两个STS标记界定的特定基因组区域的变异检索。
除了上述的dbSNP数据库以外,还有TSC、HGVbase、HapMap和dbQSNP等数据库,它们与单倍体型(haplotype)的研究比较紧密。

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